紫微斗数因最早的两本书《紫微斗数全书》和《紫微斗数全集》中有些规则存在有差异，留给后人很多疑点，再加上繁衍出来的流派众多，因而存在不少的争议问题。各派的异议是很难融洽的，公有公理，婆有婆文章，本人并无派别之见，也不保证本文观点正确，欢迎大家进行验证和融洽，创出自己的新路。
1、时差问题，有以中原时间为准的，有以真太阳为准的，有以当地时间为准的。业界大多按古制，故推荐后者，以当地光黑时间为准，即以中午日影为0的时候为正午时，但当地时间推算实验较麻烦，故一般还是北京时间推换算，按“不准但取三时断”的规则，即取上下一个时辰验证。真太阳时比较接近，可以借用。用什么时都无所谓，关键是要由定盘来决定。
2、早晚子时，23:00 ~24:00 时生人，即晚上11-12点生人，有算当日晚子时的，也有算第二天早子时的。本人已经过验证，此时生人属天地不定之时辰，不但两个时辰的人都有(早子时多些)，而且性情上也是两者皆兼而有之，具体归属应以定盘来决定，因早子时的人占大部分，所以排盘时暂时算早子时，早子时不准者再以晚子时来定盘。
闰月，有算上月的，有算下月的，有以月中分界的，业界大多推荐用后者。
关于起盘用不用节气，业界大多按全书来取用：希夷仰观天上星，作为斗数推人命，不依五星要过节，只论年月日时生。（参看《紫微斗数全书》起例歌诀总括一节）
3、年龄，有以足岁论，有以虚岁论的。业界大多以后者为准。
4、庚干四化，有阳武同相、阳武府同、阳武同阴、阳武府相、阳武阴同等几种说法。业界大多使用后者，为阳武阴同。
5、戊干四化，有太阳化科、天梁化科、右弼化科。业界大多用后者，为右弼化科。
6、壬干四化，有天府化科、左辅化科二种说法。业界大多用后者，为左辅化科。
7、天空星与地空星，《紫微斗数全书》用天空，《紫微斗数全集》用地空。二星排盘方法和性质完全相同，各人可按安星习惯取用。业界大多用天空地劫，有天有地之意，不用地空。现时网上排盘大多采用地空。全集另外还有一个天空，星性有点近似，但星曜级别低，力量小些。
8、天马，有月马和年马之分。业界大多采用年马，流马也用流年支为准查出。
9、巨门的五行属性，有属水与属土之分。业界大多论属水。
10、紫微斗数是否陈抟所创？在没有真凭实据前，维持现状吧，争论不休很难有结果的。
还有其他的争议问题，就不一一罗列了
